Вспомнил, был еще один промежуточный шаг. Правда я слабо верю в то, что он на что-то влияет.
Я старые карты удалил не сразу. Сначала я перенес их из папки CityGuide.app в папку Documents, удалил .atlas, потом запустил программу, проверил, что все работает. Далее стер старые карты и снова стер атлас и залил новые.