Такого быть не может. Был в нескольких регионах, в том числе в "СПб и области", ГУ работает с неоптимизированными картами и строит маршрут так, как должно быть.
В вашем ГУ где то спряталась ошибка. Первое, что приходит в голову - вы не удалили оптимизированную карту и ГУ, при загрузке СГ, автоматически загружает оптимизированные карту "СПб и обл".
В частности, нужно проверять и смотреть индивидуально (внимательно самому), где ошибка.