Есть в настройках две (независимые, вроде) опции: 
- каким цветом отрисовывать маршрут (реально это широкая условно тень линии маршрута), 
- рисовать ли маршрут цветом пробок (это сама линия маршрута, может быть и моноцветная).  
Т.е. сначала линия маршрута отрисовывается очень широкой полосой одного цвета (что-то типа "тени"), а поверху "тени" рисуется менее широкая полоса цвета пробок (или моноцветная, если "цветом пробок" не выбрано).  
Очень много закрывает даже сама линия маршрута, а с тень